आपले सर्व काम स्वतः करण्याची त्यांनी नेहमीच शिस्त पाळली. स्वच्छता आणि नीटनेटकेपणा याबाबत ते अत्यंत काटेकोर होते — ते वाणी आणि शरीर या दोन्ही बाबतीत स्वच्छतेचे पालन करीत. कितीही राग आला तरी त्यांच्या तोंडून कधीही अपशब्द निघत नसे. त्यांचा स्वभाव प्रेमळ होता; मात्र त्यांच्या अत्यंत सुसंस्कृत वागणुकीमुळे विद्यार्थ्यांवर एक वेगळाच प्रभाव पडत असे. केवलानंद सरस्वती यांनी लोकांशीही सद्भावाचे संबंध कायम ठेवले. "अजातशत्रू" हे बिरुद त्यांनी खरोखरीच मिळवले होते.

नारायण मराठे यांनी वयाच्या तेविसाव्या वर्षीच आपले संपूर्ण आयुष्य अध्ययन आणि अध्यापनासाठी अर्पण करायचे असा निश्चय केला होता. वयाच्या त्रेपन्नाव्या वर्षी त्यांनी औपचारिकरीत्या संन्यास स्वीकारला. त्यांनी प्राचीन शिक्षणपद्धतीतील तीन गोष्टींवर नेहमीच भर दिला. उन्नत विद्यार्थ्यांनी काही विशिष्ट भाग इतरांना कथन करावा, इतरांनी तोच धडा अनेक विद्यार्थ्यांना शिकवावा — यालाच त्यांनी ‘चिंतनिका’ असे नाव दिले होते.

कधी कधी गुरूजनांच्या अध्यक्षतेखाली विद्यार्थ्यांची बैठक घेतली जाई, ज्यामध्ये विषयातील एखाद्या भागाचे स्पष्टीकरण दिले जाई. कधी कधी त्यावर वादविवादही होत असे. यामुळे विषय अधिक स्पष्ट होत असे. सादरीकरणाची सवय आणि उपस्थिती ही दोन महत्त्वाची गुणवैशिष्ट्ये त्यातून विकसित होत असत. हे गुण एक चांगला शिक्षक घडवण्यासाठी आवश्यक आहेत.

​

आचार्यांनी शिक्षणपद्धतीची रचना प्राचीन परंपरेवर आधारित केली होती; परंतु त्या प्रणालीतील गुणदोष लक्षात घेऊन आवश्यक ते बदलही केले गेले. ‘फाजील’ या अभ्यासक्रमामध्ये त्यांनी संक्रमणाची महत्त्वकांक्षा कमी केली. संपूर्ण अमरकोश पाठ न करता वाचण्याची पद्धत शिकवली. उद्दिष्ट हे होते की, शास्त्राशी निष्ठावान पण व्यावहारिक दृष्टिकोन असलेले विद्वान घडवावेत — जे केवळ शुद्ध परिश्रमशक्तीवर आधारित नसून तात्त्विक विचार आणि सार समजून घेणारे असावेत.

​

                "प्रज्ञामठ" हे नाव त्यांच्या गुरु प्रज्ञानंद सरस्वती यांच्या सन्मानार्थ दिले गेले